Rune Aagaard har en stærk forankring inden for shipping- og transportsektoren og rådgiver blandt andet Det Blå Danmark, banker og andre finansielle institutioner om alle juridiske forhold inden for køb og salg af skibe, skibsbygnings- og værftskontrakter samt finansiering. Derudover rådgiver Rune Aagaard større virksomheder om juridiske forhold vedrørende produktion, drift og salg samt generel selskabsret.